A partir de 1804, Napoleón funda la Sociedad para la extinción de la viruela por la propagación de la vacuna antivariólica. Un comité es formado enseguida reuniendo a 16 miembros (Lemaire, 1992 & 2003). Esta institución tiene por objetivo crear antenas locales e instalar infraestructuras de vacunación en cada departamento. Reportes frecuentes deben ser entregados al ministerio del Interior. Guillotin es el presidente de ellos y Husson, el secretario. Los demás miembros son: Pinel, Corvisart, Thouret, Leroux, Hallé, Fourcroy, Berthollet, Chaptal, Delessert, Cuvier, Frochot, Lacépède y La Rochefoucault-Liancourt. A pesar de verdaderos apoyos, este comité dispone de pocos subsidios (Lemaire, 1992 & 2003). En 1809 sin embargo, se publica un primer decreto sobre la vacuna antivariólica *. Una suma es asignada anualmente al comité con el fin de que organice la vacunación a escala departamental, la paga de los vacunadores, las más veces oficiales de salud, compra el material necesario e instala 25 sitios de almacenamiento y de conservación. No obstante, esta medida se opone a la convicción religiosa del clero y a la administración de los hospicios de París. (Lemaire, 1992 & 2003).

En el ejército, Desgenettes vacuna él mismo a su hijo en 1802. Napoleón hará en esa ocasión, una verdadera campaña mediática. En 1806, Coste et Percy redacta una relación que es transmitida al conjunto de los estados mayores. Al no haberse realmente tomado ninguna disposición, el trámite permanece sin seguimiento. A principios del año 1807, 2066 soldados fueron vacunados. Entre ellos, 755 solamente conocen un resultado satisfactorio. En el momento de la abdicación, la cifra se ha triplicado, pero en vista de los efectivos del Gran Ejército, sigue siendo irrisorio, 1992 & 2003).

Nicolas Heurteloup (1750-1812), cirujano en jefe del Gran Ejército, publicó un memorándum sobre la inoculación de la vacuna antivariólica en el hospital de Milán en 1801 (Dupont, 1999).

Jean Noël Hallé (1754-1822) milita activamente por una medicina preventiva. Publica de hecho en 1800, en el Instituto, un Rapport sur la vaccine que constituye una evaluación sobre su puesta en funcionamiento, seguida por un segundo reporte en 1812 que establece un acta sobre su cumplimiento en territorio francés (sin autor, 1823). De hecho, en 1810, es llamado a Italia para organizarlo en las regiones de Lucca y de Toscana (Cuvier, 1827).

A partir de 1802, Antoine Augustin Parmentier (1737-1813), primer farmacéutico del Gran Ejército, realiza, en su domicilio, los primeros experimentos de vacunación. Se bate desde entonces por que la vacuna antivariólica sea inoculada a los más desprovistos y que centros de inoculación sean efectivamente instalados en cada departamento (Meylemans, 2010). De 1805 a 1813, contribuye activamente, con los médicos Pinel y Guillotin, a las campañas de vacunación contra la viruela emprendidas a partir de 1799, con el apoyo del general Bonaparte (Gourdol (a), 2010).
Por recomendación de Berthier igualmente, Napoleón nombra a Jean-François Coste (1741-1819), médico en jefe del Gran Ejército en 1803. Coste participa en todas las campañas (Austerlitz (1805), Jena (1806) y Eylau (1807)) y se malvive sin contar para defender su manera de ver. En el campo de Boloña, organiza y obliga a los soldados a aplicarse la vacuna antivariólica, pero lo hace con gran prudencia, no vacilando en insistir con firmeza en medidas de higiene que aplicar sobre el terreno con el mayor rigor. Sus consejos can en desuso ante la miseria de los hospitales de fortuna, de los racionamientos decretados por la administración y el avance de los combates cada vez más mortíferos (Lemaire, 1992, 1997 & 2003; Dupont, 1999).